SpCas9-HF1 能降低 EMX1 的脱靶吗？
✎ 已开启接受编辑0036literatureSpCas9-HF1 off-target EMX1 GUIDE-seq [R-0007]
0037bashls data/emx1 [R-0008]
0038pythonanalysis/count_indels.py · KeyError: 'reads'
0039editanalysis/count_indels.py +2 −1
0040pythoncount_indels.py --plot [R-0010]
0041reviewchecker-a1b2c3 · plan · pass
0042commit9f3c2ab4 Fix indel rate columns; add off-target figure
0043agentverifier-77de01 · blind re-analysis of C2
每次只画 200 条，可以继续加载更早的事件。
检验 SpCas9-HF1 是否降低 EMX1 的脱靶编辑，同时不损失中靶活性。
H1 · HF1 让 GUIDE-seq 脱靶位点的 indel 率至少降低 10 倍。 supported预测 OT1–OT3 < 0.5% · 证伪：任一位点 ≥ 野生型的 10%
H2 · 中靶活性与野生型相差不超过 5 个百分点。 open预测 |Δ| < 5 · 证伪：任一重复下降 > 5
S1收集 GUIDE-seq 脱靶位点列表完成 · R-0007
S2按位点、按重复计算 indel 率完成 · R-0010
S3主结论的盲法验证 检查点进行中
S4统计：每个位点的 Fisher 精确检验待办
S5重测 OT3 的重复 2跳过
C1 · VERIFIED
EMX1 中靶编辑：38.2%（WT）对 36.9%（HF1）。
从原始计数复算 38.1% / 36.9% · R-0014C2 · VERIFYING
HF1 把 OT1 的编辑从 12.8% 降到 0.04%。
标准：从 CSV 独立重数，两个率都复现 · 证据 R-0010kleinstiver2016High-fidelity CRISPR–Cas9 nucleases with no detectable genome-wide off-target effects Nature 529 · 开放获取 · 引用 3,400+
slaymaker2016Rationally engineered Cas9 nucleases with improved specificity Science 351
tsai2015GUIDE-seq enables genome-wide profiling of off-target cleavage by CRISPR–Cas nucleases Nat Biotechnol 33
chen2017Enhanced proofreading governs CRISPR–Cas9 targeting accuracy Nature 550
@article{kleinstiver2016,
title = {High-fidelity CRISPR–Cas9 nucleases…},
journal = {Nature}, year = {2016}
}
SpCas9-HF1 能降低脱靶吗？
crispr-offtarget · 自动生成 · 2026-11-01
- 提出问题：SpCas9-HF1 能否降低 EMX1 位点的脱靶？
- 背景检索完成：文献 18 篇，网页 24 条；剔除 1 条无法核实的引用
[r7] - 计划已批准：2 个假设，1 个检查点，开启盲法验证
- 运行 count_indels.py，修复列名后得到 4 个位点的率
[R-0010] - C1 已由盲法验证者从原始数据复现
[R-0014] - OT3 跨重复合并有争议，等待研究者决定
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